秦思齐这番化腐朽为神奇的操作，虽然解决了眼前的危机，却也彻底触动了某些人的奶酪。
那些之前抵制未果的地方士绅，眼见本可低价获取的资源，如今被一个外来的商行拢断，卖出了好价钱，而他们竟连口汤都喝不上，心中嫉恨交加。
更重要的是，秦思齐绕开地方官府体系，与商人合作经营牟利的行为，在恪守重农抑商，讲究官箴的保守派官员看来，简直是离经叛道、不成体统
很快，几道来自都察院的弹劾奏章，便摆在了皇帝的御案之上。
奏章中，言官们避重就轻，丝毫不提秦思齐化解资金困境，保障工程顺利的功绩，而是紧扣结交巨商、擅变官产为私利、与民争利（此民实指士绅）、行事乖张、有损官体等罪名，措辞严厉，请求皇帝将秦思齐革职查办。
消息传到清江浦，王振河等人都为秦思齐捏了一把汗。然而，秦思齐本人却显得异常平静。
站在已然初见雏形，气势恢宏的新河道旁，看着脚下奔流的河水，心中澄澈如镜。
从自己决定用非常手段打破困局的那一刻起，就必然会招致攻讦。
这弹劾，与其说是危机，不如说是他必须面对的、来自旧有秩序和利益集团的反扑。他填补了资金的窟窿，却似乎又陷入了另一个更为复杂的政治旋涡。
弹劾的风声如迅速在清江浦乃至更广的范围内传开。
那些原本被秦思齐雷霆手段震慑住的地方官员和士绅，仿佛嗅到了某种机会，虽不敢明着庆贺，但私下里幸灾乐祸、冷嘲热讽的窃窃私语，难免通过各种渠道，飘进秦思齐及其内核僚属的耳中。
王振河忧心忡忡，张铭更是坐立不安，几次暗示是否需要写辩折回京申辩，或连络京中故旧为之斡旋。
秦思齐照常每日巡视工地，督促进度，检查质量，处理各项繁杂事务，仿佛那几道足以让寻常官员丢官罢职的弹劾奏章，不过是拂过河面的几缕微风。
只有夜深人静，独自面对摇曳烛火时，才会露出疲惫。
秦思齐早已明白，在这复杂的官场生态中，很多时候，清者自清只是一厢情愿，关键不在于别人怎么弹劾，而在于最高处的那位如何看待，以及自己手中是否握有不可替代的实绩。
“但是，那又如何？我问心无愧。我未曾贪墨一文，未曾枉法一事。我所做的一切，都是为了把这河修好，为了不让这数万民夫的血汗白流。至于手段……非常之时，当用非常之法。”
秦思齐也给皇帝送了那封私信，在那封信里，没有过多为自己辩白，而是详细阐述了资金短缺的困境，自己不得已的应对之策（包括堆肥计划的初衷）。
紫禁城深处，皇帝并非只听都察院的一面之词。
在弹劾奏章送达的同时，皇帝通过自己掌控的内监，早已收到了关于清江浦之事的另一种奏报。
报告里，详细描述了秦思齐如何以铁腕手段整肃怠工吏员，如何巧妙利用淤泥资源化解财政危机，如何在恢复民夫待遇后重新赢得拥戴，以及工程那令人振奋的实质进展。
尤其让皇帝感到满意的，是秦思齐利用皇恩名义惠及孤贫的举措。
这既解决了实际问题，又不动声色地抬高了皇室在民间的形象，比起那些只知道空谈仁义、遇事则束手无策或推诿扯皮的官员。
秦思齐这种既能干事、又懂政治、还顾全皇帝颜面的臣子，实在难得。
因此，当都察院的弹劾奏章在朝会上引发一些保守官员附和时，皇帝并未当场表态，只是留中不发。
下朝后，亲笔给秦思齐回复了一封密旨。旨意中没有华丽的辞藻，语气平和，却带着不言自明的信任与维护：
“秦卿所奏之事，朕已悉知。清江浦工程，卿尽心竭力，变通有方，朕心甚慰。外间浮言，不必挂怀，朕自有明断。
卿只管安心任事，以竟全功。另，此类变通之举，虽出于公心，然为免物议，下次当先行具折奏闻，以全朝廷体例。钦此。”
这封密旨，由皇帝最信任的宦官秘密送至清江浦。当秦思齐跪接，展开阅读后，对着应天方向，叩首：“臣，领旨谢恩！必不负陛下信任！”
清江浦的地方势力瞬间偃旗息鼓，再不敢造次。而那些弹劾的御史，见皇帝如此态度，也识趣地不再穷追猛打，此事渐渐平息。
就在秦思齐平息弹劾风波，全心投入工程收尾阶段时，两封来自京城的书信，先后送到了他的手中。
一封是林静之的，字迹清秀端庄，力透纸背。信中先是以一贯温和的语气问候，随后便平静而喜悦地告知，他在刚刚结束的春闱中，高中二甲第十名，赐进士出身。
信中未多言考场的艰辛，而是更多地表达了对秦思齐赠予资料的感激。